L’appellation " établissement spécialisé" recouvre plusieurs types d'institutions accueillant des enfants et des adolescents malades, handicapés, en difficulté scolaire ou en difficulté sociale.

Les établissements à caractère sanitaire accueillent tes enfants et adolescents malades.
Les établissements de santé et les Maisons d'enfants à caractère sanitaire (MECSA) sont des établissements publics ou privés qui sont placés sous la tutelle du ministère en charge de la santé. L’admission est prononcée sur prescription médicale. Chaque établissement est spécialisé dans le traitement d'un type de pathologie mentale ou physique. Des accords avec l'éducation nationale permettent dans certains cas l'organisation d'une scolarité à l'intérieur même de ces institutions.

Les établissements médico-sociaux accueillent les jeunes handicapes.
Etablissements publics ou privés, leur organisation est réglementée par une " Annexe XXIV " (décret du 9 mars 1956 modifié).
On distingue

- les Instituts médico-éducatifs (IME) qui regroupent les anciens IMP (Instituts médico-pédagogiques) et les anciens IMPRO (Instituts médico-professionnels) et accueillent les enfants et adolescents atteints de déficiences mentales
- les Instituts de rééducation (IR) concernent les jeunes souffrant de troubles de la conduite et du comportement;
- les établissements pour polyhandicapés s'adressent aux enfants et adolescents présentant des handicaps complexes, à la fois mentaux et sensoriels et/ou moteurs
- les instituts d'éducation sensorielle ( handicaps auditifs et visuels) portent des noms variables les établissements pour infirmes moteurs sont souvent appelés IEM (Instituts d'éducation motrice)
- certains EREA (Etablissements régionaux d'enseignement adapté) sont spécialisés dans l'accueil d'enfants déficients sensoriels ou déficients moteurs.

L’orientation vers ces établissements relève exclusivement d'une décision de la CDES (Commission départementale de l'éducation spéciale). Le coût de la prise en charge y est assuré par l'assurance maladie ; ils sont placés sous la tutelle des DDASS (Directions départementales de l'action sanitaire et sociale) et la scolarisation y est assurée par des enseignants de l'éducation nationale.

Les élèves en grande difficulté scolaire fréquentent les SEGPA et les EREA.
Dans certains collèges, les SEGPA (Sections d'enseignement général et professionnel adapté) accueillent à partir de 12 ans des élèves rencontrant de grandes difficultés d'apprentissage. Dans le cadre de projets individualisés des parcours de préparation à l'accès à une qualification professionnelle leur sont offerts. C'est également ce que proposent la plupart des EREA (Etablissements régionaux d'enseignement adapté) qui disposent en plus d'internats éducatifs. L’admission dans les structures de l'enseignement général et professionnel adapté est prononcée par la Commission de circonscription du second degré (CCSD)

Les enfants et adolescents en difficulté sociale relèvent du secteur socio-éducatif.
Les enfants et adolescents rencontrant des difficultés importantes dans leur vie familiale peuvent être accueillis dans des institutions éducatives, par exemple les MECS (Maisons d'enfants à caractère social). Ils continuent le plus souvent leur scolarité dans le système ordinaire. L’admission relève d'une décision administrative du Président du Conseil général (service de l'ASE, Aide sociale à l'en-fance) ou d'une ordonnance judiciaire.