Créées par la circulaire 91-304 du 18 novembre 1991, les CLIS s'inscrivent dans la continuité de la loi du 30 juin 1975 sur l'intégration sociale des personnes handicapées. Elles comprennent au maximum 12 élèves.

Les CLIS 1, les plus nombreuses, concernent les enfants handicapés mentaux selon les critères de l'OMS ( en particulier un Q.I inférieur à 65/70 ) et jugés scolarisables en milieu ordinaire sur la base d'un projet individuel d'intégration scolaire.

Ce projet individuel, à caractère psycho-pédagogique, est élaboré par le maître spécialisé dans le handicap mental et titulaire de la CLIS (normalement un maître "D",parfois dans les faits un maître "E").

Le projet est rédigé en référence à la synthèse effectuée par une équipe pluridisciplinaire et tient compte du rapport de la CCPE  (dans les cas les plus simples) ou de la CDES (dans les cas plus complexes qui requièrent une ou plusieurs prises en charge spécialisées financées par les services départementaux de la Santé publique).

Les CLIS 2, 3, 4, reçoivent les élèves reconnus (par une CDES) respectivement handicapés auditifs, visuels ou moteurs (ou infirmes moteurs cérébraux).

L'intégration scolaire dans une CLIS suppose l'intégration de la CLIS dans l'école et par conséquent la pleine reconnaissance de sa place dans le projet d'école et la vie de l'école; l'ensemble des maîtres (en particulier dans le cadre d'activités décloisonnées) est donc concerné par l'implantation et le fonctionnement d'une CLIS, sans parler de l'ensemble des élèves (ce qui suppose une sensibilisation et une éducation au respect).

En l'absence de CLIS, une intégration scolaire individuelle reste toujours possible sur la base d'un projet individuel, dans les conditions définies par les circulaires 82-2 et 82-048 du 29 janvier 1982 complétée par la circulaire interministérielle du 29 janvier 1983), sur décision d'une commission spéciale (CDES ou CCPE).

   L'action pédagogique doit prendre en compte les nouvelles normes définies par l'OMS ( organisation mondiale de la santé ) dans la nomenclature des déficiences, incapacités, désavantages ( handicaps )ce qui implique pour les enseignants de CLIS d'adopter une attitude positive face aux élèves dont ils ont la charge, de baser leur action sur le postulat de l'éducabilité de l'être qui induit la variabilité et la réversibilité du handicap.

Cela nécessite impérativement une conception positive de la dynamique évolutive de chaque élève,  un regard ambitieux sur les potentialités d'apprentissage de chacun tout en gardant pour objectifs les contenus d'enseignement de l'école primaire ou maternelle et les compétences à acquérir pour chacun des cycles institués par le décret n° 90-788 du 6 septembre 1990.

      Donner un enseignement adapté dont les références sont communes à tous avec la volonté de limiter les effets ségrégatifs qui peuvent découler d'un placement spécialisé, sont les missions des CLIS. Dans cette perspective résolument dynamique, la scolarité accomplie dans la CLIS ne peut limiter ses dimensions au seul accueil des élèves mais à l'obligation d'envisager un processus d'intégration.

        Les CLIS sont confiées à des instituteurs ou à des professeurs des écoles spécialisés pourvus du diplôme de qualification correspondant à l'emploi : certificat d'aptitude aux actions pédagogiques spécialisées d'adaptation et d'intégration scolaires ( CAPSAIS) : option A - handicapés auditifs ; option B - handicapés visuels, option C - handicapés moteurs, option D et option E- handicapés mentaux.

        Le maître spécialisé est responsable de l'organisation de la scolarité de ses élèves et de l'évaluation des résultats obtenus dans le domaine scoalire ainsi que de ses méthodes et techniques pédagogiques, mais il a l'obligation d'établir :

        - un projet pédagogique pour le groupe déterminant le profil de la classe, à partir de cela les objectifs prioritaires, le fonctionnement, soit la place de la classe dans l'école, les actions, les relations, l'articulation entre activités communes et temps d'intégration...
        - un projet pédagogique pour chaque élève élaboré chaque fois qu'il est possible en liaison avec la famille et à laquelle il est dans tous les cas communiqué. Il situe pour chacun les objectifs et les attentes ; il définit les aides et les équipements technologiques souhaitables, les techniques pédagogiques et l'évaluation des résultats ; il intègre les dimensions éducatives, rééducatives, voire thérapeutiques ; il prévoit les modalités d'intervention ( si action d'intervenants spécialisés ) ; il permettra d'établir un bilan des progrès et de procéder à des réajustements ( évaluation).

        Autant que faire se peut, le maître spécialisé recherchera la collaboration des autres enseignants de l'école. Le projet d'école doit prendre en compte explicitement l'intégration collective d'élèves handicapés réalisée dans la CLIS, prévoit les modalités essentielles du fonctionnement de celle-ci et l'évaluation de l'action conduite.